Миколаївський ліцей “Гіпаніс-ЕОС” є закладом загальної середньої освіти та реалізує освітні програми на всіх рівнях загальної середньої освіти. Ліцей містить у своєму складі структурні підрозділи:
- початкова школа – забезпечує здобуття початкової освіти (1-4 класи);
- гімназія – забезпечує здобуття базової середньої освіти (5-9 класи);
- ліцей – забезпечує здобуття профільної середньої освіти (10-11 класи).
Управління ліцеєм здійснюється його засновниками. Безпосереднє керівництво ліцеєм здійснюється директором. Вищим колегіальним органом громадського самоврядування ліцею є загальні збори колективу – конференція.
